Bonjour,
Je ne crois vraiment pas qu'il y ait un problème à utiliser du vinaigre pour les canalisations, d'autant que dans les toilettes, il se trouve forcément mélangé à l'eau...
Après recherches (dans mes livres et sur le net), je n'ai trouvé sur le sujet de ta question, alors que pour les produits d'entretien en magasin, voire les détartrants, déboucheurs et autres, là il faut vraiment s'inquiéter concernant les ingrédients...
A mon humble avis, tu peux continuer l'esprit tranquille à pratiquer tes nettoyages écologiques 
Bonne journée.